Viner fra Bourgogne har en lang og innholdsrik historie, som stadig kommer til uttrykk i vinen. Vinområdets dannelse henger naturlig sammen med grunnens formasjon, som fant sted for 200-250 millioner år siden.
De første skrifter som omtaler vinproduksjon i området er fra år 312, og det er etter år 500 at munkene begynte å kultivere vinranker og lage vin. De delte inn jorden i mindre jordstykker, avhengig av jordmonnets kvalitet, og dyrket egnede vindruer. 



I det 14. og 15. århundre var det hertugene av Bourgogne som hjalp til med en konstant forbedring av vinene, samtidig som de hjalp med å få vinene solgt, og spre deres omdømme i Frankrike og i resten av Europa.
I det 18. århundre begynte borgerskapet og adelen å interessere seg for vinproduksjonen og kjøpte derfor opp jordstykker. Under Napoleon fortsatte Bourgognevinene deres utbredelse mot Russland og Amerika, men fra 1870 til 1880 herjet en sykdom skapt av en vinbladlus (phylloxera) samtlige europeiske vindistrikter, inkludert Bourgogne. Da Bourgognedistriktet kom seg over sykdommen, begynte vinbøndene å plante om på sine beste jordområder for å fremme kvaliteten. 

I neste århundre blev betegnelsen AOC (Appellation d´Origine Contrôlée) innført. Betegnelsen har som hensikt å fastsette produksjons- og kvalitetsstandarder, noe som er med på å gjøre Bourgogneviner blant de aller beste i verden.